Real-time RT-PCR

Exemple d'ús de l'aplicació Efficiència qPCR

L'eina desenvolupada s'ha dissenyat per analitzar l'eficiència d'amplificació de la Real-time RT-PCR basada en el sistema 7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems).

Si l'amplificació de les sondes és òptima, es pendran valors d'eficiència de 2, ja que la PCR es basa en un creixement exponencial. No obstant, no sempre s'obté una bona amplificació i el valor de l'eficiència pot variar.

Conseqüentment, l'eina que es presenta permet calcular l'eficiència mitja per cada gen en el procés d'amplificació.
A continuació es mostren de forma esquemàtica els pasos a seguir en l'anàlisi:
  1. Obtenir les dades de fluorescència (ct) de la Real-time RT-PCR
  2. Obtenir les dades de fluorescència per cada cicle de la Real-time RT-PCR
  3. Crear un fitxer amb les mostres i la classe a la que pertany cada mostra
  4. Entrar a la Plataforma de Bioinformàtica i anar a Eines --> Eficiència qPCR
  5. Importar el fitxer de classes creat en el tercer apartat
  6. Importar les dades de la Real-time RT-PCR obtingudes en el primer apartat
  7. Importar les dades de la Real-time RT-PCR per cicle obtingudes en el segon apartat
  8. Introduir els gens que s'utilitzaràn com a housekepping o gens de referència
  9. Executar l'aplicació: analitzar