Real-time RT-PCR

La Real-time RT-PCR és una tècnica establerta per a la quantificació de mRNA de mostres biològiques. La tècnica permet realitzar dos tipus de quantificacions diferents de l'expressió gènica en funció de l'objectiu de l'estudi:
  • Quantificació absoluta:
    Permet obtenir la quantitat d'àcid nuclèic (nombre de copies, µg) respecte la quantitat de mostra inicial (per cèl·lules, per µg de RNA).
  • Quantificació relativa:
    Permet obtenir una quantitat relativa de l'àcid nuclèic d'interès en quantitats equivalents de mostres de diferents grups; ex: malalts vs controls.

L'enia que es presenta està dissenyada per a la quantificació relativa de l'expressió gència mesurada per Real-time RT-PCR en sistemes ABI 7900 Sequence Detection (Applied Biosystems).
Al llarg de l'anàlisi l'algoritme implementat segueix varies etapes per tal d'obtenir un anàlisi de les dades òptim.

  1. Normalització respecte un gen de referència
  2. Anàlisi paramètirc
  3. Gràfics obtinguts

Aquí podeu veure un exemple de com utilitzar l'aplicació que es presenta a continuació.

Anàlisi de dades
-Fitxer de mostres a processar:
-Fitxer amb les dades de ct:
-Títol:
-Gens de referència (separats per /)
ex:HPRT1-Hs99999909_m1/18S-Hs99999901_s1
-Introdueix cada grup amb el seu corresponent ID (separats per ;)
ex: 1,"controls";2,"malalts"
-Fitxer amb les dades de l'eficiència:
si es suposa una eficiència de 2, no és necessàri adjuntar fitxer

Problemes-Sugerències: [email protected] / [email protected]