PB-Ejemplo effy-ct


	Real-time RT-PCR Ejemplo de uso de la aplicación Eficiencia qPCR La herramienta desenvolupada se a diseñado para analizar la eficiencia de amplificación de la Real-time RT-PCR basada en el sistema 7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems). Si la amplificación de las sondas es óptima, se tomaran valores de eficiencia de 2, ya que la PCR se basa en un crecimiento exponencial. No obstante, no siempre se obtiene una buena amplificación y el valor de la eficiencia puede variar. En consecuencia, la herramienta que es presenta permite calcular la eficiencia media para cada gen en el proceso de amplificación. A continuación se muestran de forma esquemática los pasos a seguir en el anàlisi: Obtener los datos de fluorescencia (ct) de la Real-time RT-PCR Obtener los datos de fluorescencia por cada ciclo de la Real-time RT-PCR Crear un fichero con las muestras y la clase a la que pertenece cada muestra Entrar a la Plataforma de Bioinformática y ir a Herramientas --> Eficiencia qPCR Importar el fichero de clases creado en el tercer punto Importar los datos de la Real-time RT-PCR obtenidos en el primer punto Importar los datos de la Real-time RT-PCR por ciclo obtenidos en el segon punto Introducir los genes que se utilizarán com housekepping o genes de referencia Ejecutar la aplicación: analizar

PLATAFORMA BIOINFORMÁTICA