PLATAFORMA BIOINFORMÀTICA

Gràfics

• Heatmap


Presenta les dades d'expressió per cada un dels gens (files) i cada mostra (columnes) dins un rang de colors que passa de verd a vermell (menys expressió --> més expressió).
Les mostres es presenten agrupades, la fila de dalt de tot del heatmap representa d'un color diferent cada grup de mostres. En la figura de la dreta es poden diferenciar tres grups diferents (blau, verd, taronja).
Els valors d'expressió es donen en funció d'un gen de referència (ΔC_T) o d'un gen i una mostra de referència (ΔΔC_T). Així, aquells punts de color negre indicaràn que el valor de referència i el del gen d'interès presenten el mateix valor (no hi ha diferències), per contra, si l'expressió del gen d'interès és superior que el valor de referència el punt serà vermell i en cas contrari, el punt serà verd.




• Gràfic de barres


El gràfic de barres és realitza només per aquells gens que presentin una expressió diferencial significativa, normalment gens amb un p-value <= 0,05.
En l'eix vertical es troba el valor del ratio, és a dir, el valor d'expressió gènica relativa al gen i/o mostra de referència. I en l'eix horitzontal, els grups de mostres per cada gen.
Així, en la figura que es mostra a la dreta s'observen 5 gens expressats significativament amb els valors de ratio per cada un dels grups en l'estudi.
L'alçada de la barra indica la mitjana de l'expressió relativa de cada grup i les linies verticals negres mostren la desviació de les dades per cada cas.







• Gràfic de caixes


El gràfic de caixes, igual que el gràfic de barres, només s'obtindrà d'aquells gens que presentin una expressió diferencial significativa.
Cada gràfic correspondrà a un únic gen, i cada caixa a un grup de mostres determinat. Així, la figura de la dreta correspon a un gen i hi ha representats 3 grups, definits en l'eix horitzontal. L'eix vertical indica el valor del ratio (expressió gènica relativa), el centre de cada caixa correspon a la mitjana, els extrems de la caixa a la desviació estándard i els punts que surten fora d'aquesta corresponen als valors extrems i/o outliers.