PLATAFORMA BIOINFORMÁTICA

Gráficos

• Heatmap


Presenta los dados de expresión por cada gen (filas) y cada muestra (columnas) dentro un rango de color que pasa de verde a rojo (menor expresión --> mayor expresión).
Las muestras se presentan agrupadas, la primera hilera del heatmap represanta con un color diferente el grupo de cada muestra. En la figura de la derecha se pueden observar tres grupos diferentes (azul, verde y naranja).
Los valors de expresión se dan en función de un gen de referencia (ΔC_T) o de un gen y una muestra de referencia (ΔΔC_T). Así, los puntos representados de color negro indican que el valor de referencia y el del gen de interés presentan el mismo valors (no hay diferencias), por contra, si la expresión del gen de interés es superior que el valor de referencia el punto será rojo y en caso contrario, el punto será verde.




• Gráfico de barras


El gráfico de barras se realiza solo para aquellos genes que presenten una expresión diferencial significativa, normalmente genes con un p-value <=0,05.
En el eje vertical se encuentra el valor del ratio, valor de expresión génica relativa al gen y/o muestra de referencia. I en el eje horizontal, los grupos de muestras para cada gen.
Así, en la figura que se observa a la derecha se ven 5 genes expresados significativamente con los valores de ratio para cada uno de los grupos en estudio.
La altura de cada una de las barras indica la media de expresión relativa para cada grupo y las lineas verticales negras muestran la desviación de los datos para cada caso.







• Gráfico de cajas


El gráfico de cajas, igual que el gráfico de barras, solo se obtiene para aquellos genes que presentan una expresión diferencial significativa.
Cada gráfico representa un único gen, y cada caja a un grupo de muestras determinado. La figura de la derecha corresponde a un gen determinado en el que se representan 3 grupos, definidos en el eje horizontal. El eje vertical indica el valor del ratio (expresión génica relativa), el centro de cada caja corresponde a la media, los extremos a la desviación estandrad y los puntos que salen fuera los valors atípicos o outliers.