Anàlisi de dades

Un cop obtingudes les dades d'expressió gènica per Real-time RT-PCR i calculada l'expressió relativa d'aquestes, el següent pas consisteix en l'anàlisi de les dades normalitzades per tal d'extreuren informació d'interès.
Les diferents tècniques d'anàlisi permeten identificar aquells gens que presenten una expressió gènica significativament diferent entre grups.
L'elecció d'un mètode d'anàlisi apropiat depèn de la naturalesa de les dades i de la forma com s'han obtingut. Quan es comparen dos o més grups d'observacions poden donar-se dos tipus de dissenys: quan les observacions s'obtenen de grups independents o quan les observacions s'obtenen d'un mateix grup en diferents condicions. Un altre aspecte a tenir en compte serà el tipus i la distribució de les dades; en funció d'aquesta variable el mètode a aplicar serà:
  • Mètodes paramètrics
    Assumeixen que les observacions de cada grup presenten una distribució aproximadament normal, si no es compleix aquesta condició s'haurien d'aplicar mètodes no-paramètrics o alternativament, es podrien transformar les dades aplicant un logaritme, arrel quadrada,...
  • Mètodes no-paramètrics
    Inicialment no assumeixen una distribució determinada respecte les observacions de cada grup.
En l'eina desenvolupada s'utilitzen mètodes paramètrics per realitzar l'anàlisi, però per evadir la possibilitat de que les mostres no segueixin una distribució normal i el test a aplicar sigui erroni, les dades són transformades mitjançant logaritmes.
Així, al realitzar l'anàlisi s'estableix una hipòtesi inicial nula que assumeix que no hi ha diferències entre grups i a partir d'aquí es pot evaluar la probabilitat de que les dades observades compleixin aquesta hipòtesis. El valor de la probabilitat coincideix amb el p-valor que ens proporcionen els diferents tests estadístics, de manera que com menor sigui el valor de p més improbable serà que la hipòtesi nula sigui certa.

Anàlisi paramèmtric

L'anàlisi paramètric de les dades aplicat es base en 3 test diferents:
  • ANOVA test
  • Kruskal-Wallis test
  • Standard 2-class unpaired t-test
El test a utilitzar dependrà del nombre de grups presents en l'estudi, d'aquesta manera si tenim dos grups s'utilitzarà el t-test i en cas de tenir més de dos grups l'anàlisi es farà per ANOVA, Kruskal-Wallis i t-test.
Tornar endarrera