Real-time RT-PCR
Exemple d'ús de l'aplicació qPCR: Ct.
L'eina desenvolupada s'ha dissenyat per l'anàlisi de dades de sistemes Real-time
high throughput, concretament per dades obtingudes del sistema:
7900HT Fast Real-Time PCR System (Applied Biosystems)El que no significa que no pugi ser compatible amb altres sistemes
high throughput com LightCycler 480 (
Roche), Rotor-Gene (
QIAGEN), Opticon (
BIO-RAD).
Un cop la Real-time RT-PCR a finalitzat tot el procés, arriba el moment d'obtenir i analitzar les dades d'expressió obtingudes.
A continuació es presenten de forma esquemàtica els pasos a seguir:
- Obtenir les dades de fluorescència de la Real-time RT-PCR
- Crear un fitxer amb les mostres i la classe a la que pertany cada mostra
- Entrar a la Plataforma de Bioinformàtica i anar a Eines --> qPCR: Ct
- Importar el fitxer de classes creat en el segon apartat
- Importar les dades de la Real-time RT-PCR obtingudes en el primer apartat
- Donar un títol a l'estudi
- Introduir els gens que s'utilitzaràn com a housekepping o gens de referència
- Indicar les diferents classes amb el corresponent indicador (ID)
- Introduir el fitxer d'eficiències
- Executar l'aplicació: analitzar
